Penguatan pengawasan bertujuan untuk meningkatkan penyelenggaraan pemerintahan yang bersih dan bebas KKN pada masing-masing instansi pemerintah. Target yang ingin dicapai melalui program ini adalah :
1. Meningkatnya kepatuhan terhadap pengelolaan keuangan negara oleh masing-masing instansi pemerintah;
2. Meningkatnya efektivitas pengelolaan keuangan negara pada masing-masing instansi pemerintah;
3. Meningkatnya status opini BPK terhadap pengelolaan keuangan negara pada masing-masing instansi pemerintah; dan
4. Menurunnya tingkat penyalahgunaan wewenang pada masing-masing instansi pemerintah.